昭和24年 4月 1日 北海道森高等学校臼尻分校（定時制）として開設され、普通科と家庭科を設置。
昭和26年 4月 1日 北海道森高等学校尾札部分校（定時制）として開設され、普通科を設置。
昭和27年11月 1日 北海道臼尻高等学校及び北海道尾札部高等学校として独立。
昭和29年 3月31日 両校に漁業科を置き、普通科を廃止して校名をそれぞれ北海道尾札部漁業高等学校及び北海道臼尻漁業高等学校と校名変更。
昭和31年 3月31日 実習船栄光丸（117.3t）竣工。
昭和32年 4月 1日 両校合併し、校名を尾札部村・臼尻村組合立北海道南茅部漁業高等学校と変更、漁業科、機関科、漁村家庭科を設置。
昭和33年 8月28日 校舎新築第1期工事完了（2階建380坪、漁業実習室60坪）
昭和34年 5月 1日 両村の合併により、南茅部村立北海道南茅部漁業高等学校と校名変更。
昭和34年 9月 1日 町制施行により、南茅部町立北海道南茅部漁業高等学校と校名変更。
昭和37年 4月 1日 北海道南茅部高等学校と校名変更。全日制普通科及び家政科を併設し定時制漁業機関科及び漁村家庭科の募集停止。
昭和39年 3月31日 道立移管。
昭和39年 4月 1日 定時制水産科に転換、定時制漁業科募集停止。
昭和45年 4月 1日 定時制課程昼間季節制漁業経営科に転換し、定時制水産科募集停止。
昭和48年 3月27日 栽培漁業実習場竣工。
昭和49年 3月15日 柔剣道場竣工。
昭和50年 4月 1日 全日制普通科1学級増設、家政科募集停止。全日制漁業経営科設置、定時制昼間季節制漁業経営科募集停止。
昭和52年 3月31日 全日制家政科閉科。
昭和52年 4月 1日 全日制漁業経営科を栽培漁業科に学科転換。
昭和53年 3月31日 定時制課程閉課。
昭和53年10月 1日 創立30周年記念行事。
昭和58年 3月26日 船外機付和船「おやしお」1・2号竣工。
昭和59年12月 8日 沿岸漁業実習艇「はまなす」竣工。
昭和61年 2月18日 渡島管内教育実践表彰を受賞。
昭和62年 6月23日 校舎改築着工。
昭和63年 3月16日 校舎改築第1期工事完成。
平成元年 2月18日 校舎改築第2期工事完成。
平成元年 6月24日 ボランティア活動の実践校として全国表彰（厚生大臣賞）を受賞。
平成元年12月25日 校舎改築第3期工事完成。校門の学校銘板は澤宣彦道教育長の揮毫による。
平成 2年11月10日 校舎改築第4期工事完成。校舎改築落成記念式典実施。
平成 3年 7月21日 硬式野球南北海道大会（札幌円山球場）に出場。
平成 7年 2月 8日 全国水産高校生徒研究発表大会で最優秀賞・文部大臣賞を受賞。
平成 9年 3月 1日 全日制栽培漁業科閉科。
平成10年11月 8日 創立50周年記念行事。校訓制定。
平成16年 4月 1日 英語科で習熟度別授業を実施。
平成16年12月24日 理科部、日本学生科学賞研究部門において内閣総理大臣賞を受賞。
平成18年 4月 1日 英語科に続き、国語科・数学科で習熟度別授業を実施。
2年次から進学者のためのFUコースと資格取得のためのBSコースの2つのコースを実施。
3学期制から2学期制へ。
平成18年 4月11日 全生徒・職員で朝の10分間読書を開始。
平成19年 2月 5日 渡島管内教育実践表彰を受賞。
平成19年 7月 逆サマータイム開始。
平成22年 4月 1日 地域キャンパス校・センター校連携実施。北海道高等学校（普通科）キャリア教育推進事業の指定を受ける。
平成25年 4月 1日 文部科学省より研究開発学校（遠隔授業による単位認定）に指定。（～平成28年度）
平成29年 4月 1日 文部科学省より研究開発学校（遠隔授業による単位認定）に指定。（～令和３年度）